汽车进水保险公司一般情况下是会赔的，但有2种情况保险公司不赔：
1、没买车损险。如果没有买车损险、涉水险的话，车辆泡水保险公司不赔，损失由车主自己承担。
2、发动机二次打火。车辆涉水后，车主二次启动车辆，导致发动机受损，那么即使买了涉水险和车损险，发动机的损失保险公司都是不赔的。
汽车进水后，车主应该做的：
1、一旦车辆被浸泡在水里，车主需要拨打保险公司电话进行报案。
2、由于暴雨造成大规模车辆进水，保险公司无法及时到达现场，车主请及时拍照。将车辆被淹图片保留下来，以便定损员进行定损。
3、拖车。保险公司与4S店都有拖车救援服务，但一旦遇上恶劣天气，拖车也是超负荷运转，未能及时赶到时，车主需要做好心理准备。
4、向4S店预约维修。保险公司是采用公司组织形式的保险人，经营保险业务。保险公司享有收取保险费、建立保险费基金的权利。