1、结构上不同
三轴式变速器有三根轴，两轴式变速器有两根轴；两轴式变速器的输入轴和输出轴不在同一轴线上，两根轴分别为第一轴(输入轴)，第二轴(输出轴)。
第一轴为离合器的从动轴，第二轴为主减速器的主动轴，且单级变速，由于体积小，多被轿车所用。与两轴式变速器不同的是三轴式变速器的输入轴和输出轴在同一轴线上，比两轴式变速器多了一个中间轴，且是二级变速。由于产生的扭矩大，体机大，多为重型车所用。
2、传动形式和效率不同
两轴变速器的前进档主要由输入和输出两根轴组成。与三轴变速器相比，省去了中间轴，在一般档位只经过一对齿轮就可以将输入轴的动力传至输出轴，所以传动效率要高一些；同样因为任何一档都要经过一对齿轮传动，所以任何一档的传动效率又都不如三轴变速器直接档的传动效率高。
扩展资料：
变速器的功能：
改变传动比，满足不同行驶条件对牵引力的需要，使发动机尽量工作在有利的工况下，满足可能的行驶速度要求。在较大范围内改变汽车行驶速度的大小和汽车驱动轮上扭矩的大小。由于汽车行驶条件不同，要求汽车行驶速度和驱动扭矩能在很大范围内变化。
变速器控制杆：
1、当满载上坡时，行驶阻力便很大。而汽车发动机的特性是转速变化范围较小，而转矩变化范围更不能满足实际路况需要。
2、实现倒车行驶，用来满足汽车倒退行驶的需要。实现倒车行驶汽车，发动机曲轴一般都是只能向一个方向转动的，而汽车有时需要能倒退行驶，因此，往往利用变速箱中设置的倒档来实现汽车倒车行驶。
2、中断动力传递，在发动机起动，怠速运转，汽车换档或需要停车进行动力输出时，中断向驱动轮的动力传递。
3、实现空档，当离合器接合时，变速箱可以不输出动力。例如，可以保证驾驶员在发动机不熄火时松开离合器踏板离开驾驶员座位。
参考资料：百度百科-两轴式变速器
参考资料：百度百科-变速器
两轴式和三轴式变速器的区别：
两轴变速器的前进档主要由输入和输出两根轴组成。与传统的三轴变速器相比，由于省去了中间轴，在一般档位只经过一对齿轮就可以将输入轴的动力传至输出轴，所以传动效率要高一些；同样因为任何一档都要经过一对齿轮传动，所以任何一档的传动效率又都不如三轴变速器直接档的传动效率高。
三轴式变速器：有三根轴，分别为输入轴、输出轴、中间轴。
两轴式变速器：有两根轴；两轴式变速器的输入轴和输出轴不在同一轴线上，两根轴分别为第一轴(输入轴)，第二轴(输出轴)。
三轴式变速器、两轴式变速器变速箱里有三根轴的为三轴式变速箱，分别为输入轴、输出轴、中间轴同理，变速箱里只有两根轴的为两轴试变速器